有些中小软件公司管理层往往难以摒弃“重物质，轻人力”的观念，认为软件开发人员的高付出劳动都能通过即时高薪酬补偿，认识不到人力资本的增值潜力，忽视人力资本长期投入，薪酬制度缺乏长期激励机制。

1.没有形成合理的薪酬制度

中国大多数软件公司都未建立合理的薪酬制度，薪酬制度的缺失往往影响人力资源各个制度有机结合，不能充分发挥软件公司人力资源各个制度的功能，甚至发生矛盾，从而大大影响软件公司人力资源管理效果。甚至有些软件公司老板仅凭谈判情况与以往经验定夺软件开发人员的薪资标准，缺少科学性，致使软件公司软件开发人员薪酬标准不统一，在进行薪酬决策时，主观因素作用大，没有科学依据。究其根源主要有两方面：第一，软件公司尚没有认识到要建立薪酬制度的必要性。第二，软件公司缺乏专门从事人力资源管理的专业人员。对人力资源的管理大部分是由非专业人员进行，其结果是力不从心。

2.薪酬要素比例失衡

软件公司薪酬一般由基本工资、绩效工资、奖金和福利、津贴等部分组成。在一些软件公司中，往往对福利这一薪酬要素缺乏足够的重视。软件公司软件开发人员在薪酬方面会有不同需求，薪酬要素结构不合理往往影响软件公司的薪酬体系在运行过程的灵活性，无法形成对软件开发人员的短、中、长期激励效果。甚至在很多中小软件公司，没有进行自助福利的设计，致使激励效果很差。有些软件公司绩效工资比例过低，而固定工资比例过高，影响了薪酬激励作用的有效发挥。

3.薪酬分配政策不合理

由于缺乏竞争的环境，同时受软件公司规模的限制，中小软件公司软件开发人员薪酬水平从整体上低于市场平均水平，再加上软件公司为了降低成本，往往对薪酬加以控制，致使多数中小软件公司的薪酬政策不合理，在进行薪酬分配时，软件公司不依据软件开发人员对软件公司贡献程度，而仅仅以软件开发人员所处级别及工作内容作为分配标准，致使中小软件公司薪酬管理缺乏竞争力，很难招收或留住优秀人才。

4.缺乏有效的薪酬管理激励机制

虽然绩效工资制是中小软件公司普遍采用的形式，但实际上软件开发人员的工资没有真正同软件开发人员的绩效结合。由于缺少科学合理的绩效评价标准，无法对软件开发人员的工作贡献科学准确地衡量，薪酬与绩效不相匹配导致软件开发人员工作效率下降，大大减弱薪酬的激励功能。另外，中小软件公司薪酬制度缺乏长期激励机制，一些中小软件公司管理层往往难以摒弃“重物质，轻人力”的观念，认为软件开发人员的高付出劳动都能通过即时高薪酬补偿，认识不到人力资本的增值潜力，忽视人力资本长期投入，薪酬制度缺乏长期激励机制。

5.薪酬分配缺乏公平性

由于种种原因，多数软件公司尚未建立全面、完善的薪酬管理制度，软件公司老板在软件开发人员应聘时或与之谈判后，凭经验及个人喜好决定软件开发人员的薪酬，主观随意性较大，致使软件公司内部软件开发人员工资标准不规范。软件公司内部薪酬管理体系的不规范现象，造成软件公司内部同工不同酬或者同酬不同工的问题，这使职工心里感到不公平，使软件开发人员没有认同感与归属感，影响了工作积极性。