一、侵权纠纷

软件是一种有价值的知识财产，软件的极易复制和较大的经济效益，使得软件的侵权极易发生并给软件著作权人带来重大损失。我国《软件保护条例》列举了如下侵权行为：
复制或者部分复制著作权人的软件的；

向公众发行、出租、通过信息网络传播著作权人的软件的；

故意避开或者破坏著作权人为保护其软件著作权而采取的技术措施的；

故意删除或者改变软件权利管理电子信息的；

转让或者许可他人行使著作权人的软件著作权的。

发生软件侵权后，侵权人应承担停止侵害、消除影响、赔礼道歉、赔偿损失等民事责任；同时损害社会公共利益的，由著作权行政管理部门责令停止侵权行为，没收违法所得，没收、销毁侵权复制品，可以并处罚款；情节严重的，著作权行政管理部门并可以没收主要用于制作侵权复制品的材料、工具、设备等；触犯刑律的，依照刑法关于侵犯著作权罪、销售侵权复制品罪的规定，依法追究刑事责任。

新的《软件保护条例》严格了“善意侵权人“的法律责任，规定“软件的复制品持有人不知道也没有合理理由应当知道该软件是侵权复制品的，不承担赔偿责任；但是，应当停止使用、销毁该侵权复制品。如果停止使用并销毁该侵权复制品将给复制品使用人造成重大损失的，复制品使用人可以在向软件著作权人支付合理费用后继续使用。“

此外，增加了侵权人的举证责任。《软件保护条例》第28条规定，“软件复制品的出版者、制作者不能证明其出版、制作有合法授权的，或者软件复制品的发行者、出租者不能证明其发行、出租的复制品有合法来源的，应当承担法律责任。“

二、违约纠纷

在软件著作权合同中当事人不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定条件的，应当按照《民法通则》和《合同法》的相应规定承担民事责任。

软件著作权合同纠纷可以依据合同中的仲裁条款或者事后达成的书面仲裁协议，向仲裁机构申请仲裁。当事人没有在合同中订立仲裁条款，事后又没有书面仲裁协议的，可以直接向人民法院提起诉讼。

三、权属纠纷

在软件所有权归属上发生的纠纷一般分为职务软件和非职务软件纠纷、合作开发软件中各合作者之间的纠纷、委托开发软件中委托方和受托方之间的纠纷。有关软件的权属纠纷，可以请求软件著作权行政管理机关调处，也可以直接向人民法院起诉。