根据国际统一的医疗系统信息化水平划分，医院信息化发展普遍经历三个阶段：医院管理信息化(HIS)阶段、临床管理信息化(CIS)阶段和局域医疗卫生服务(GMIS)阶段。除上述三个信息化阶段之外，医院和公共卫生管理中的基本管理信息系统(MIS)随着医疗改革的深入也逐渐建立起来。医院管理信息系统(HIS)是以收费为中心，将门急诊的挂号、划价、收费、配药和住院病人的医嘱、配药、记账，以及医院的人、财、物等工作，用计算机网络进行管理，并将从各信息点采集的信息供管理人员查询、管理和决策。目前，中国的大型医院基本建立了成熟的HIS 系统，其应用不断扩展，无线技术和手持设备等也逐渐应用到HIS 系统中。中小型医院开始部署HIS 系统，社区医疗服务中心和乡镇卫生院也开始建立HIS 系统。

医院是典型的兼具劳动密集型和知识密集型特征的机构，病人到医院就诊、住院乃至手术，需要经过一套十分复杂的诊疗流程才能完成，并涉及大量物流、费用乃至复杂的诊疗信息的处理。而医生在为病人进行诊断、治疗时，亦需采集大量的相关信息并借助专业知识进行综合分析，整个过程涉及基础医学、医学影像学、解剖学、药理学、病理学以及心理学等多个专业学科，医疗业务本身的复杂性也就决定了为其提供技术支撑的医院信息系统的复杂性。而我国医院规模、水平参次不齐，各种综合医院和专科医院分类多样化，相应加大了其产品开发的技术难度和创新要求。我国医疗卫生信息化发展相对较晚，随着近几年国内经济的持续快速发展，医疗卫生行业的投入不断加大，带动了我国医疗卫生信息化的快速发展。

临床管理信息系统(CIS)是以病人为中心，用影像存档和传输系统(PACS)、放射信息系统(RIS)、检验信息系统(LIS)、病理信息系统(PIS)、手术信息系统(ORIS)等，全面收集病人的临床信息，并通过医生工作站提供给医生。医生可使用电子化医嘱录入系统录入处方、医嘱和检查申请单，查询检查结果，建立电子病历。这套系统将实现医疗文件“无纸化”，提高诊治的自动化，并为区域医疗的开展打下基础。目前，中国的大型医院正处于CIS 系统建设的高峰期，诸如PACS 等各子系统的应用正逐渐成熟。由于各子系统的部署和运营处于相对独立的阶段，信息化建设比较发达的医院已经开始进行集成。

公共卫生与区域医疗卫生管理信息系统，是用IT 技术把社会医疗保健资源和服务，如医疗保险、社区医疗、相关医院、远程医疗、卫生行政机关、药品供应商、设备供应商、银行等连接起来整合为一个系统，实现局域医疗卫生服务。

目前，中国的区域医疗信息系统还处于摸索和试验阶段，政府在区域医疗的管理流程和管理政策方面还没有成熟，例如如何转诊、病历的所有权归属等问题有待于进一步明确。区域医疗所需的基础数据系统建设刚刚启动，居民健康档案、区域医疗数据中心等系统也处于起步阶段。

基本管理信息系统(MIS)是医院和医疗管理部门对基础业务的管理。随着信息化应用的深入，医疗机构对于管理信息系统的需求逐步增强，医院成本核算管理和OA 是主要的管理信息系统。在新的医疗改革方案中，公立医院对成本核算的需求驱动了对信息系统的需求。目前医院的成本核算系统建设还处于起步阶段，原因是政府的管理政策正在制定和调整中，不同医疗机构的成本核算系统发展区别较大。随着社区卫生医疗网络的建立，社区卫生的成本核算系统也正处于试验阶段，OA 建设同样处于起步阶段。

目前，我国医院信息化建设的重点开始从以费用、管理为主的医院信息化初级阶段逐步过渡到以医院临床信息为主的高级阶段。医院信息系统的开发和应用正在向深度发展，开始从早先的侧重于经济运行管理，逐步向临床应用、管理决策应用延伸，逐步实现“以收费为中心”向“以病人为中心”的数字化医院转变，同时在合理利用医疗资源、优化医疗业务流程、完善医院管理决策方面发挥越来越重要的作用。