在很多软件著作权纠纷案件中，软件著作权人向法院提交《软件著作权登记证书》，用以证明自己是涉案软件源代码的著作权人，但从《软件著作权登记管理条例》来看，即使软件著作权人提交了《软件著作权登记证书》，也不能当然地认为其是涉案软件源代码的权利人，为什么这么说呢?《软件著作权登记证书》只能是软件源代码享有著作权的初步证据，并非法定依据。是否软件著作权，仍应根据著作权法的相关规定来认定。

我国软件源代码实行自愿登记原则，有助于解决因软件著作权归属造成的著作权纠纷，并为解决软件著作权纠纷提供初步证据，但这仅限于初步证据。由于我国目前采用的软件著作权登记制度，对软件程序本身并不进行审核或实质审核，导致很多软件著作权权利人拥有软件著作权的形式外衣，但并不实质上拥有独创性的著作权。我国目前对软件源代码只进行形式审查，造成《软件著作权登记证书》在一定程度上存在以下几种瑕疵：

(1)软件源代码的完成时间不准确甚至是错误

因为对软件源代码的完成时间是由申请人也就是软件著作权人自己填写，登记机构不会进行核实，也无法进行核实，这就会导致真实的研发时间与《软件著作权登记证书》显示的时间不一致，甚至会出现申请登记的软件源代码根本就没有投入研发，更谈不上研发完成的问题。在实务中曾经出现过，竞争对手将还没有开发完成的软件源代码进行登记，换取在《软件著作权登记证书》上时间显示的优先性。

(2)张冠李戴、偷梁换柱的问题

由于软件著作权登记机构并不对软件源代码进行实质性审查，导致司法实践中，将A软件源代码以B软件源代码的名称进行登记，导致《软件著作权登记证书》登记的软件源代码名称与实际的软件源代码名称并不相符。

(3)将他人享有著作权的软件源代码进行登记

由于登记机构并不对软件源代码进行实质性审查，登记的软件源代码究竟是什么内容，登记机构也无法知晓，不排除被授予《软件著作权登记证书》的软件源代码含有他人享有著作权的软件源代码的情况，也就是说登记的软件源代码含有亲发他人合法知识产权的软件源代码。

(4)将开源代码进行软件源代码登记

由于至进行形式审查，不进行实质审查，无法核实申请登记的软件源代码是否是包含有开源代码，根据《著作权法》的规定，作品必须具有独创性，才能受到《著作权法》的保护，但实践中，申请登记的软件源代码包含有开源代码，即使该软件源代码没有独创性，登记机构也无法核实，导致被授予《软件著作权登记证书》的软件源代码含有开源代码，不符合《著作权法》对作品的独创性要求，不应当受《著作权法》的保护。

综上由于软件著作权登记机构并不对软件源代码进行实质性审查，就颁发《软件著作权登记证书》，导致软件源代码与软件著作权对应不上的情况，在这种情况下《软件著作权登记证书》就不能作为认定软件著作权归属的证据使用，不能说明相关软件源代码为《软件著作权登记证书》上显示的著作权人所有。